企鹅身上的毛看起来像是皮毛，但实际上发育完全的企鹅是长满羽毛的，跟普通鸟类没什么两样。不同之处在于羽毛的生长方式。
对大多数鸟类来说，羽毛是长在长条形的羽胚上的，但是企鹅的羽毛却均匀地长在身体上，因此看起来像皮毛。小企鹅起初会长出羽绒（一种非常细非常软的羽毛）；之后羽绒会慢慢地褪去，长出羽毛。
企鹅至少有17种，但所有种类的羽毛都是相似的，它们背部的羽毛通常是黑色或深蓝色的，而肚皮和前胸长满白色的羽毛。
企鹅的脸却与大多数鸟类长得不太相同，比如，跳岩企鹅的头顶长着长直而松软的羽毛，它的眼睫毛是淡黄色的，眼睛是亮红色的。
大多数企鹅都是黑后背，白肚皮，像穿着燕尾服的绅士。科学家们发现，这种外表可以起到保护作用，不易被水中的捕食者（比如海豹）发现。
企鹅呆在水里的时候通常是肚皮朝下，背朝上。在水里从下往上看，海豹很难把企鹅的白肚皮与刺眼的阳光区分开来。从上往下看，同样难以发现企鹅的黑后背。
企鹅已经在世界上生活了5500万年，而且种种迹象表明它们的确是由会飞的鸟类进化来的。它们体内至今还保留着龙骨——一种用来固定强壮的飞行肌的胸骨。而且它们的确会飞行——在水里飞行。
企鹅在水里扇动翅膀，就像普通的鸟儿在天空中那样。因为空气的密度小，所以通常鸟类的翅膀比较宽，而且羽毛也轻。但是水里的情况就不同了。水的密度大，想要推动水，企鹅必须拥有一副短而硬的翅膀，就像船桨。
因为企鹅大部分时间都呆在寒冷的水下，它们必须设法为自己的身体保温。企鹅羽毛的根部有柔软的绒毛，它可以在皮肤周围保留一层空气，减少身体的热量散失。
羽毛的末端质地较硬，而且防水。通常，水会沿着羽毛从身上滑下来，就像穿了高贵的干湿褛。羽毛下面是脂肪层，通常比较厚，喜爱游泳的人都知道，这是最好的隔热装备。
企鹅也像其他鸟类那样，每年换羽一次。不同的是，它会一次性褪去所有的旧羽毛然后长出新羽毛。
每次换羽通常持续3周时间。在这3周内，它们只能老老实实地呆在冰盖或陆地上，等待新的羽毛长出来。其间不能下水去找吃的，因为没有羽毛它们就无法适应水下的寒冷。因为没有食物，每次换羽后，企鹅的体重会减半。