太空舱内的空气系统是封闭循环，尽管采取了相应的净化处理措施，相比较于大自然的新鲜空气而言，主观感受还是不及后者。而封闭系统也给微生物的滋生提供了可能。
另外，太空辐射也可能引起细菌和病毒发生基因突变。有一种育种方式就是利用太空辐射对种子的诱变效应筛选优良性状的新品种，而细菌和病毒也可能在太空辐射的作用下发生基因突变。产生的新细菌或病毒可能突破人体免疫屏障，导致新型传染病的发生。虽然该可能性并不大，目前也尚未发生过，但是不排除这种可能性。
二是，为航天员自身着想。
从火箭发射到航天飞船返回，航天员会面临这几个挑战。
为了挣脱地心引力，火箭需要达到很高的飞行速度。在不断加速的过程中，航天员需要承受较大的重力负荷。另外，因为航天飞机推力局限导致对载荷的限制，航天飞船不能做的很大。空间的限制对航天员的心理会产生一定的压迫感，这些因素都会使身体处于应激状态。
而在应激状态下，身体内肾上腺糖皮质激素的分泌增加，会提高机体应对挑战的能力，同时对免疫系统产生抑制效应。此时体内共生或者潜伏的细菌、病毒有可能兴风作浪，导致感染性疾病的增加，例如咽炎、感冒，甚至肺炎等。
太空是一个失重环境，血液循环、淋巴循环会受到影响，甚至免疫细胞的形态也会产生一定的变化。
3）来自外太空的辐射。
辐射会影响骨髓的造血功能，而骨髓正是免疫细胞的“摇篮”，因此辐射可能造成骨髓造血细胞受损，引起免疫细胞数量的减少及功能的减弱。
再加上昼夜节律变化、运动减少等原因，都会导致宇航员的免疫力下降。
因此，从预防新物种病原微生物及保护宇航员健康的角度，都要参照传染病的隔离制度，对宇航员进行三级隔离制度的管理。然后逐步过渡到二级以及一级隔离制度，直至解除隔离。