无飞行能力的身体以水为生的生活方式使得企鹅看起来似乎一点也不像鸟类，但其实它们与其它鸟类还是具有很多相同的特征，尤其是在交配问题上。
目前大约有18种企鹅物种，但它们的交配行为“本质上是相似的”。每一个物种都有自身的怪癖，企鹅研究学者、新西兰奥克兰大学的艾玛·马克斯（Emma Marks）这样说道。交配往往发生在南极的夏季，也就是10月至2月，尽管有的物种也会在冬天交配。雄性会先到达殖民地然后选择自己的位置等待配偶的出现。对于筑巢的企鹅来说，例如阿德利企鹅，雄性会回到自己之前的巢并尽可能的展示它，主要通过利用它们发现的石头、木棍和其它物体来建造它。
当雌性到达，可能是几周后，它们会立即找到去年的配偶，雌性可能会通过仔细检查、进入甚至在巢穴内躺下以检查对方建造的巢穴的质量。她也会对临近巢穴进行相同的检查，虽然这种行为有时候会引发麻烦。
“如果公企鹅之前的配偶来到了，她会将新的母企鹅驱赶出巢穴，”马克斯说道。“这有点像看肥皂剧。”对于那些不建造巢穴的物种来说，歌曲的质量非常重要。研究人员表明雌性能够辨别雄性的胖瘦程度——以及它能够坚守看护后代多长时间而无需出去觅食——主要是基于它们所唱的歌曲。
一旦雌性选中了它的配偶,这一对将进行重要的求爱仪式,企鹅会弯腰,打扮整理自己并互相打扮。这种仪式帮助企鹅互相了解对方，并记住对方的叫声从而能够迅速的找到对方。
当求爱仪式完成后，两者就开始交配。母企鹅会躺在地上，公企鹅则爬在她背上并向后移动直到他找到她的尾巴。母企鹅会抬起尾巴，使得与公企鹅的泄殖腔（生殖和排泄孔）对齐，从而有效地传递。
当母企鹅产下一至两枚蛋后，公企鹅会进行第一次孵化，对于那些不筑巢的物种来说，成年个体会将蛋放在脚上平衡。孵化的责任几乎是父母双亲共同承担，只有一个特例，那便是帝王企鹅。雄性会连续照顾自己的后代两个月，这主要取决于企鹅爸爸的冬季里保存的温暖，随着它们的脂肪储存日益减少。